Sinds 2007 werken scholen gezamenlijk op brancheniveau aan de kwaliteitszorg van het praktijkgericht onderzoek. In 2009 werd het eerste Brancheprotocol Kwaliteitszorg Onderzoek (BKO) vastgesteld.
In 2015 is een nieuw BKO voor de jaren 2016-2020 tot stand gekomen. Het nieuwe brancheprotocol is tot gekomen in een intensief en interactief proces binnen de Vereniging Hogescholen. In het nieuwe brancheprotocol onderzoek komt de verantwoordelijkheid voor de kwaliteitszorg sterker bij de hogescholen zelf te liggen, terwijl de branche als geheel krachtig verantwoording naar buiten toe aflegt via de jaarlijkse rapportage.
Het brancheprotocol legt de basis voor een landelijk kwaliteitszorgstelsel voor het praktijkgericht onderzoek aan hogescholen. Het is gericht op het permanent handhaven en verbeteren van de kwaliteit van het onderzoek. Het BKO 2016 – 2022 beschrijft de doelstellingen en opzet van de visitaties van de hogescholen-onderzoekseenheden, de Commissie Evaluatie Kwaliteit Onderzoek die toezicht houdt op de uitvoering van het protocol en de landelijke monitor waarmee de kwantitatieve ontwikkelingen van het praktijkgericht onderzoek wordt beschreven.